Mitochondrien sind Zellorganellen, die über ein eigenes Genom verfügen. Dessen DNA vermehrt sich unabhängig von der Kern-DNA. Jede Zelle verfügt über mehrere Hundert Mitochondrien (z. T. bis zu 10.000), die wiederum selbst mehrere DNA-Moleküle enthalten können. Für die Differenzierung verschiedener Individuen ist der nicht-kodierende Bereich in der Kontrollregion von Bedeutung. Man spricht hier von der so genannten D-Loop-Region. Diese Region ist bei den meisten Tierarten gegeben und bei vielen Arten auch hochpolymorph. Analog zur Mitochondriensequenzierung beim Menschen sequenzieren wir bei vielen Tierarten die D-Loop-Region zur Identitätsanalyse, auch aus schwierigem, biologischem Material. Nähere Informationen dazu finden sich unter dem Punkt “Identitätsanalyse”.
Für die Bestimmung der Art des Tieres sequenzieren wir in den meisten Fällen das Cytochrom b Gen auf dem mitochondrialen Genom. Nähere Informationen dazu finden sich unter dem Punkt “Speziesbestimmung”.
Mitochondriale Marker werden auch bei Tieren ausschließlich über die maternale Linie vererbt. Während und nach der Befruchtung gehen die väterlichen Mitochondrien verloren. Das bedeutet: Die Mutter vererbt ihre mitochondrialen Eigenschaften an jedes ihrer Nachkommen, aber nur die weiblichen Tiere vererben diese weiter.